[ka]ではなく[k]と入力したら、[か]と変換されるように設定します。

・IME2000のプロパティの[全般]パネルを選択します。[設定]ボタンをクリックし[ロ
ーマ一覧]から[か]を選択し、[変更]ボタンをクリックし、ローマ字に[k]と入力し[OK]
ボタンをクリックします。更に[OK]ボタンをクリックしてプロパティのダイアログを
閉じます｡