地上部と同様に植物の根を巡って害虫や菌類、バクテリアなどが生活しています。

連作障害（急性萎ちょう症、ネコブセンチュウ）をおこしている、およびうどんこ病・灰色かび病・さび病・黒点病などのかび病をおこしている土壌では、その土壌に生活している病害微生物が占有して、有益微生物・土壌障害・病虫害の発生要素を分解し作物の生育環境を浄化する微生物の数がとても少ないのです。いわゆる、微生物群のバランスが悪いのです。植物は、土壌生物の環境は大切です。土壌中に生物が居ないことはあり得ない。この多様な生物群に対して、強い抵抗力を持っているか、あるいはこれらの生物群がその植物の味方であり、親衛隊としてその植物を守ってくれるような土壌生物環境である必要があります。

（有益微生物とか有害微生物という区別は人間のエゴです。）

どうすれば、連作障害を防げるか？。
今までの技術では　１．土壌の殺菌　２．コンパニオンプランツの植栽　３．水耕栽培　４．有機物の投入　などがあります。

我々は４．の生有機物の投入をすすめる。

　土壌中に微生物のエサとして適度の有機物を施用すると、連作障害を克服できる。
土壌中に多様な生物が生育・生息させ、単一の病害菌の大発生する状態を防ごうというわけである。
土が豊か･･･土壌生物が豊かで調和がとれていれば、様々な生物が相互に関連しつつ生活し、単一の生物の大発生を招きにくい。

いちじくも連作障害がおきるが、私のいちじくは連作障害がおきない。

このいちじくの樹勢が衰えたり、カミキリムシにやられたりして歯抜け状態になってしまうことがある。いちじくを再生すべく、枯れた場所にいちじくの若木を植栽しても全滅してしまう。
　若木が枯死してしまったのは、土壌中の生物が単様化し、いちじくをターゲットにする菌類が多量に存在してしまうからです。親木が死んでしまう場所に幼い子供を植えても育つはずがない。大量の病害菌が待ちかまえているところに抵抗力のない赤ちゃんを植えたことになります。

　このいちじくの連作障害は、有機質を多量に土壌に投入することによって、軽減あるいは防止することが可能です。このことは連作障害のメカニズムを理解することに１つの示唆を与えています。土壌中に有機質があれば、多様な生物が生育・生息しており、単一の病害菌の大発生を防ぐことができるのです。

スイカやナス、トマトは連作を嫌う代表的作物の１つですが、そのトマトを同じ圃場で２０数年間つくり続け（１２月定植・３月から１1月いっぱい収穫）３０トン以上の収穫をしている人もいる。